Em razão das condições climáticas favoráveis, a RPPN é detentora de uma rica biodiversidade, principalmente nos locais de difícil acesso, onde se encontram as áreas mais preservadas com a ocorrência de espécies arbóreas perenifólias, cujo dossel ultrapassa 20 metros. A maior incidência é de espécies como paudarco, murici, camumzé, favinha, ingá, paraíba, angico, sabiá da mata, gargaúba, amarelão, limãozinho, ipê amarelo, embiriba e diversas outras.

Uma característica que chama a atenção é a abundância de epífitas com a presença de lianas herbáceas e lenhosas como cipó de escada e cipó fogo bem como de musgos, líquens, orquídeas e bromélias.