O Maciço de Baturité e, consequentemente, a RPP Serra da Pacavira, estão imersos em uma circunvizinhança de paisagem semi-árida, representando uma ilha de floresta úmida em plena caatinga.
Considerado um enclave de Mata Atlântica, a importância desse ambiente decorre da sua condição de ser uma área de integração entre as unidades morfoclimáticas da Floresta Atlântica e da Caatinga.
Em 2004, a região foi classificada como área de extrema prioridade pelo Probio (MMA). A RPPN detém expressiva ocorrência de espécies da mastofauna com destaque para a presença de gatos do mato, raposas, veado mateiro, tatu peba, tamanduá mirim, tatu verdadeiro, saguis, cuícas, timbus, catitas e marmosas.
Dentre os indivíduos da herpetofauna, destacam-se a surucucu do brejo, a cascavel, a cobra de cipó, a coral verdadeira, a salamanta, a dormideira, a caninana, a surucucu pico de jaca, a jibóia, a papa-ova e a jararaca. Já a sub-ordem Lacertília é representada principalmente pelo calango, o calango do rabo azul, o camaleão, o calango liso, o teju, a tijubina e o papa vento.
Quanto à fauna de anfíbios, das espécies registradas destacam-se o sapo folha e o minúsculo Adelophryne baturitensis, endêmico do Maciço de Baturité, listado como vulnerável de extinção de acordo com MMA, 2003 e IUCN, 2006.